Studia podyplomowe Farmacja przemysłowa zostały powołane decyzją Rady Wydziału Farmaceutycznego UJ CM (27 lutego 2004 r.) oraz następnie decyzją Senatu UJ (24 marca 2004 r.). Inicjatorem powołania studiów na Wydziale Farmaceutycznym był prof. dr hab. Jerzy Brandys, który przy współudziale dr hab. Agnieszki Skowron oraz prof. dr hab. Renaty Jachowicz stworzyli program oraz strukturę organizacyjno-administracyjną. We wniosku o uruchomienie studiów podkreślono fakt, że „dynamika rozwijającego polskiego przemysłu farmaceutycznego sprzyja poszukiwaniu specjalistów łączących wiedzę z zakresu farmacji z umiejętnościami z zakresu zarządzania i znajomością realiów, potrzeb i regulacji prawnych tego rynku w Polsce i Unii Europejskiej”. Zwrócono uwagę, że „minimum programowe studiów farmaceutycznych nie pozwala na kształcenie studentów wyspecjalizowanych w zakresie farmacji przemysłowej. Brak też jest podstawowych umiejętności w dziedzinach pozostających poza obszarem zainteresowania farmaceutów, takich jak: zarządzanie i marketing, prawo farmaceutyczne czy zasady ustalania cen leków i public relation firmy farmaceutycznej(…). Ponieważ przemysł farmaceutyczny daje zatrudnienie absolwentom różnych kierunków studiów, nie tylko farmaceutycznych i medycznych, ale również biologicznych, chemicznych czy biotechnologicznych program studiów podyplomowych został skonturowany w sposób umożliwiający uzupełnienie przez nich potrzebnej wiedzy i umiejętności”.

Opracowany w 2004 r. program studiów podyplomowych z Farmacji przemysłowej realizowany w wymiarze 250 godzin dydaktycznych obejmował 10 przedmiotów będących jednocześnie blokami tematycznymi tj: Firma farmaceutyczna, Elementy zarządzania, Badania i rozwój produktu leczniczego, Wytwarzanie produktów leczniczych, Nadzór nad niepożądanym działaniem leków, Charakterystyka rynku farmaceutycznego na świecie i w Polsce, Polityka cenowa leków, Marketing produktów leczniczych oraz seminarium dyplomowe. Program studiów realizowany w formie wykładów, seminariów, zajęć praktycznych i ćwiczeń laboratoryjnych podczas szesnastu spotkań weekendowych ulegał z upływem czasu modyfikacji pod względem merytorycznym jak i organizacyjnym. Podwaliny programowo-organizacyjne studiów stworzone na początku stanowią bazę do dalszego rozwoju i ewolucji studiów. W ciągu minionych 12 lat dokonana została korekta programowa, wynikająca z potrzeby dostosowania do dynamicznie zmieniającego się rynku farmaceutycznego i tym samym potrzeb słuchaczy. W związku z wymogami nowej ustawy o szkolnictwie wyższym, dokonano kolejnych zmian w programie studiów co wyrażono w zapisach efektów kształcenia w zakresie wiedzy, umiejętności i kompetencji społecznych oraz przypisanych punktach ECTS, co oznacza Europejski System Transferu Punktów (ECTS, ang. European Credit Transfer System). Dla studiów podyplomowych liczba punktów powinna wynosić co najmniej 30. W ten sposób dostosowano program do zaleceń Europejskich Ram Kwalifikacji. Sukcesywnie dokonywano zmiany w treściach kształcenia, biorąc pod uwagę opinie słuchaczy zawarte w ankietach oceniających studia. Studia te cechuje elastyczność niezbędna do podnoszenia jakości kształcenia. W nowych założeniach programowych zwrócono szczególną uwagę na rozwijanie umiejętności praktycznych oraz rozwiązywanie zagadnień problemowych, by rzeczywistym stało się uzupełnienie wiedzy o nowe obszary tematyczne.

Obecny program kształcenia składa się z 5 modułów, z których każdy obejmuje kilka przedmiotów. Są to: Metodologia poszukiwań nowych leków, Badania leków w fazie przedklinicznej i klinicznej, Wytwarzanie i ocena jakości produktów leczniczych, Ochrona własności intelektualnej i dopuszczanie leku do obrotu, Funkcjonowanie firmy w warunkach rynkowych.